Hlavným orgánom rozhodovania EZÚS je Valné zhromaždenie, ktorého súčasťou sú všetci starostovia zastupujúci členov EZÚS a v prípade ich neprítomnosti zástupcovia starostov. Operačné riadiace úlohy vykonáva riaditeľ, ktorého na štyri roky zvolilo Valné zhromaždenie. Riaditeľ sa zúčastňuje valných zhromaždení s právom konzultácie. Má tiež právomoc rozhodovať o akomkoľvek otázke, ktorá nie je pridelená iným orgánom v stanovách alebo iných základných dokumentoch. Prácu riaditeľa dohliada Dozorná rada. V stanovách sú uvedení aj prezident skupiny a jeho zástupca, spolu s riaditeľom a dozornou radou, ktorí sú volení a menovaní zo členov Valného zhromaždenia.
Organizačná štruktúra zoskupenia:
Predseda: József Michl, Tata (HU)
Podpredseda: Béla Keszegh, Komárno (SK)
Valné zhromaždenie: Béla Halász, Zoltán Molnár, Károly Takács, Zoltán Sinkovicz, Attila Molnár
Dozorná rada EZÚS: JUDr. Tamás Varga, Ernő Kárpáthy, Dr. Miléna Molnár, Dr. Ivett Szeiffert
Riaditeľ: Zoltán Bara
Zamestnanci: Mónika Simon, Emőke Tóth, Eszter Bóna
Dozorná rada Pons Danubii Fejlesztési Ügynökség Közhasznú Nonprofit Kft.: Dr. Miléna Molnár, Bálint Turi, Dr. Tamás Pápai
EZÚS Pons Danubii okrem orgánov stanovaných Stanovami vytvára odborné výbory, ktorých úlohou je podporovať spoluprácu medzi mestami.