A Pons Danubii Fejlesztési Ügynökség Közhasznú Nonprofit Kft.-t a Pons Danubii EGTC (945 01 Komárno (Szlovákia), Klapka tér 1.) alapította. Az EGTC a Kft. 100%-os tulajdonosa.
Az EGTC: A Pons Danubii Korlátolt Felelősségű Európai Területi Együttműködési Csoportosulást (továbbiakban Pons Danubii EGTC) három szlovákiai (Komárno, Kolárovo, Nesvady vagyis Észak-Komárom, Gúta, Naszvad) és három magyarországi (Komárom, Tata, Kisbér) önkormányzat hozta létre. Hivatalos bejegyzésére 2010. december 15-én került sor. A Csoportosuláshoz 2011. október 12-én csatlakozott Oroszlány városa is. Ógyalla Város Önkormányzata 2020 decemberében bejelentette kilépési szándékát az EGTC-ből, így 6-ra csökkent a tagtelepüléseink számla. 2021-ben Naszvad (Nesvady) város jelezte belépési szándékát. A csatlakozási kérelmét a közgyűlés egyöntetűen megszavazta 2021 decemberében. Ezzel a Pons Danubii EGTC Társulás tagjai: Magyarország: Komárom, Tata, Kisbér, Oroszlány; Szlovákia: Észak-Komárom, Gúta, Naszvad.
A Kft. ügyvezetője (és egyben az EGTC igazgatója) Bara Zoltán.
A Kft. az alábbi feladatok ellátásában működik közre:
A Kft. mindenkori alkalmazottjának napi feladatai közé tartozik a kiírt pályázatok megírásában való részvétel, a pályázatok adminisztrációja, az EGTC pályázatainak írásában, valamint a nyertes projektek menedzselésében való részvétel, a Kft. adminisztratív tevékenységeinek ellátása, a tagtelepülések elnyert projektjeinek megvalósításában való részvétel, eseti jelleggel a Pons Danubii képviselete különböző rendezvényeken, konferenciákon.