Az ETT fő döntéshozó testülete a Közgyűlés, amelyet az ETT tagtelepüléseinek polgármesterei képviselnek, illetve akadályoztatásuk esetén a nevükben és helyettük eljáró alpolgármesterek. Az operatív irányítási feladatokat a négyéves időtartamra megválasztott Ügyvezető Igazgató látja el. Az Ügyvezető Igazgató tanácskozási joggal vesz részt a közgyűlési üléseken. Minden olyan kérdésben jogosult döntést hozni, amelyet az Alapszabályban említett jogszabályok vagy alapdokumentumok nem utalnak más szerv hatáskörébe. Az Ügyvezető Igazgató munkáját a Felügyelőbizottság felügyeli. A szabályzatok meghatározzák a társulás elnökét és helyettesét (alelnök), valamint az Ügyvezető Igazgatót és a Felügyelőbizottság tagjait is, mint a társulás tisztségviselőit, akiket a Közgyűlés tagjai közül választanak és neveznek ki.
Szervezeti felépítés:
Elnök: Michl József, Tata (HU)
Alelnök: Keszegh Béla, Észak-Komárom (SK)
Közgyűlés tagjai: Halász Béla, Molnár Zoltán, Takács Károly, Sinkovicz Zoltán, Molnár Attila
Felügyelőbizottság: JUDr. Varga Tamás, Kárpáthy Ernő, Dr. Molnár Miléna, Dr. Szeiffert Ivett
Igazgató: Bara Zoltán
Alkalmazottak: Tóth Emőke, Simon Mónika, Bóna Eszter
A Pons Danubii Fejlesztési Ügynökség Közhasznú Nonprofit Kft. felügyelőbizottsága: Dr. Molnár Miléna, Turi Bálint, Dr. Pápai Tamás
A Pons Danubii EGTC az Alapszabályban lefektetett szervek mellett szakmai bizottságokat hozott létre a városok közötti együttműködés elősegítésére.